Как доказать, что физ лицо занимается предпринимательской деятельностью?

Добрый день!
Для сбора доказательств о том, что гражданин осуществляет предпринимательскую деятельность без государственной регистрации, можно воспользоваться рекомендациями ФНС России.
Если Вы имели в виду ситуацию, что гражданин фактически руководит деятельностью ООО, не будучи официально назначенным его директором, то доказательствами могут являться показания работников ООО об этом, документы, в которых гражданин отдает руководящие указания и т.п. 

Письмо Федеральной налоговой службы от 8 февраля 2013 г. № ЕД-3-3/412@ “О налогообложении доходов физических лиц” 
Согласно пункту 1 статьи 23 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — ГК РФ) гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя. 
Таким образом, закон связывает необходимость регистрации физического лица в качестве индивидуального предпринимателя с осуществлением им деятельности особого рода, а не просто с совершением возмездных сделок. Самого по себе факта совершения гражданином сделок на возмездной основе для признания гражданина предпринимателем недостаточно, если совершаемые им сделки не образуют деятельности. 
В соответствии со статьей 2 ГК РФ деятельность должна осуществляться самостоятельно, на свой риск, и быть направленной на систематическое получение прибыли.
О наличии в действиях гражданина признаков предпринимательской деятельности могут свидетельствовать, в частности, следующие факты:
— изготовление или приобретение имущества с целью последующего извлечения прибыли от его использования или реализации;
— хозяйственный учет операций, связанных с осуществлением сделок;
— взаимосвязанность всех совершаемых гражданином в определенный период времени сделок;
— устойчивые связи с продавцами, покупателями, прочими контрагентами.