Будут ли мне зачислены деньги по НИС со второго контракта, если я не встал на учет и служу третий?

Если вы проходите службу солдатом/сержантом, то тогда относитесь к добровольным участникам накопительно-ипотечной системы и вас включат в реестр участников НИС с даты подачи рапорта, за предыдущее время накопления не восстановят. Либо решайте этот вопрос с командованием части и лицом, назначенным ответственным за НИС. Возможно предложат вам альтернативу. Кроме того, можете не включаться в НИС, а обеспечиваться жильем/субсидией на общих основаниях, если при достижении 20 лет общей продолжительности военной службы будете признаны нуждающимся в жилых помещениях.