Здравствуйте, Роман.
С Вашей стороны не будет правонарушения по порядку регистрации и постановке на воинский учет, если будет установлено, что Вы проживаете (пребываете) в Новосибирске не постоянно в течение 3-х месяцев, то есть, если Вы периодически возвращаетесь в Алтайский край по месту жительства.
Военкомат прав, основанием для постановки Вас на воинский учет по месту пребывания является свидетельство о регистрации Вас по месту пребывания.
«Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях»
Статья 19.15.1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации
1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации либо допущение такого проживания нанимателем или собственником этого жилого помещения свыше установленных законом сроков -
влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до трех тысяч рублей; на нанимателей, собственников жилого помещения (физических лиц) — от двух тысяч до пяти тысяч рублей; на юридических лиц — от двухсот пятидесяти тысяч до семисот пятидесяти тысяч рублей.
Закон РФ от 25.06.1993 N 5242-1
(ред. от 03.04.2017)
«О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации»
Статья 5. Регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания и снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания
Регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания производится в срок, не превышающий 90 дней со дня прибытия гражданина в жилое помещение. Регистрация по месту пребывания производится без снятия гражданина с регистрационного учета по месту жительства.
Гражданин Российской Федерации вправе не регистрироваться по месту пребывания в жилом помещении, если жилое помещение, в котором он зарегистрирован по месту жительства, находится в том же или ином населенном пункте того же субъекта Российской Федерации.
Положение о воинском учете
(утв. постановлением Правительства РФ от 27 ноября 2006 г. N 719)(с изменениями от 6 октября 2011 г.)
50. Граждане, подлежащие воинскому учету, обязаны:
а) состоять на воинском учете по месту жительства или месту пребывания в военном комиссариате, а в поселении или городском округе, где нет военных комиссариатов, — в органах местного самоуправления. Граждане, имеющие воинские звания офицеров и пребывающие в запасе Службы внешней разведки Российской Федерации и запасе Федеральной службы безопасности Российской Федерации, состоят на воинском учете в указанных федеральных органах исполнительной власти;
б) являться в установленные время и место по вызову (повестке) в военный комиссариат или иной орган, осуществляющий воинский учет, по месту жительства или месту пребывания, имея при себе военный билет (временное удостоверение, выданное взамен военного билета) или удостоверение гражданина, подлежащего призыву на военную службу, а также паспорт гражданина Российской Федерации и водительское удостоверение при его наличии;
в) явиться при увольнении с военной службы в запас Вооруженных Сил Российской Федерации в 2-недельный срок со дня исключения из списков личного состава воинской части в военный комиссариат или иной орган, осуществляющий воинский учет, по месту жительства для постановки на воинский учет;
г) сообщать в 2-недельный срок в военный комиссариат или иной орган, осуществляющий воинский учет, по месту жительства об изменении сведений о семейном положении, образовании, состоянии здоровья (получении инвалидности), месте работы или должности, месте жительства в пределах муниципального образования;
д) сняться с воинского учета при переезде на новое место жительства или место пребывания (на срок более 3 месяцев), а также при выезде из Российской Федерации на срок более 6 месяцев и встать на воинский учет в 2-недельный срок по прибытии на новое место жительства, место пребывания или возвращении в Российскую Федерацию;
С уважением! Г.А. Кураев