Даже если вы, например, подарите дом обратно дочери или себе, и допустим, кто-то из вас в сумме будет владеть домом свыше 3 лет, вы не получите права на налоговый вычет, полагающийся собственникам имущества, владевшим им более 3 лет.
Согласно пункту 1 статьи 235 Гражданского кодекса Российской Федерации право собственности прекращается, в частности, при отчуждении собственником своего имущества другим лицам.
Пунктом 1 статьи 219 Гражданского кодекса предусмотрено, что право собственности и другие вещные права на недвижимые вещи, ограничения этих прав, их возникновение, переход и прекращение подлежат государственной регистрации в едином государственном реестре органами, осуществляющими государственную регистрацию прав на недвижимость и сделок с ней.
Таким образом, в случае прекращения и возобновления права собственности на дом, моментом возникновения права собственности является не дата первоначального получения свидетельства о праве собственности на дом, а момент государственной регистрации Вами права собственности на данную квартиру после ее передачи по договору дарения.
Т.е. учитываться будет только период непрерывного владения.
Учитывая изложенное, поскольку квартира находится в собственности жены менее трех лет, то Вы имеете право на получение имущественного налогового вычета в размере 1 000 000 рублей. Доходы от продажи дома, превышающие названную сумму, подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке.
Прошу прощения за неточность)
Поправка к ответу 23:20
Следует читать: «Таким образом, право собственности у жены возникло в 2013 году, и отношения внутри семьи здесь роли не играет. Для того, чтобы не платить налог жене, не следует отчуждать недвижимость в течение трех лет (п. 17.1 ст. 217 НК РФ).»
Если дом будет находиться в собственности менее трех лет, то Ваша жена вправе воспользоваться налоговым вычетом в размере 1 000 000 руб, в соответствии со ст. 220 НК РФ.