Как сделать так, чтобы подписали акты и доплатили разницу?

В контракте обычно бывает прописан порядок подтверждения результатов работ в случае уклонения одной из сторон от подписания актов приемки-передачи. Просмотрите условия договора. Если подобные условия отсутствуют, то необходимо руководствоваться нормами ГК о строительном подряде. В соответствии с ч. 4 ст. 753 ГК РФ сдача результата работ подрядчиком и приемка его заказчиком оформляются актом, подписанным обеими сторонами. При отказе одной из сторон от подписания акта в нем делается отметка об этом и акт подписывается другой стороной. Односторонний акт сдачи или приемки результата работ может быть признан судом недействительным лишь в случае, если мотивы отказа от подписания акта признаны им обоснованными.

В случае, если вы требуете от заказчика оплатить стоимость работ, не включенных в смету, необходимо учитывать, что в силу ч. 4 ст. 743 ГК РФ Вы не можете требовать оплаты работ, выполненных сверх сметы, в случае, если вы заранее не уведомили заказчика о необходимости проведения неучтенных в технической документации работ или если не докажете необходимость немедленных действий в интересах заказчика.  

Суд в любом случае будет исследовать вопрос, как подтверждается выполнение работ (ладно материалы — Вы подтвердите накладными), а акты выполненных работ у Вас не подписаны. Направляйте письма контрагенту с требованием подписать акты либо мотивировать отказ. Суд принимает во внимание всю Вашу переписку относительно подписания актов, если они не мотивированы, то примет Вашу позицию, но Вы должны подтвердить что сделали все возможное для приемки работ