Здравствуйте, Олеся!
Боюсь, что Ваши вопросы сформулированы из неправильных выводов.
По поводу невозможности выхода участников путем отчуждения доли обществу не совсем так.
Минимальный размер УК 10 000.
Действительная стоимость доли или части доли в уставном капитале общества выплачивается за счет разницы между стоимостью чистых активов общества и размером его уставного капитала (п. 8 ст. 23 ФЗ об ООО).
Если уменьшение уставного капитала общества может привести к тому, что его размер станет меньше минимального размера УК, действительная стоимость доли или части доли в уставном капитале общества выплачивается за счет разницы между стоимостью чистых активов общества и минимальным УК, т.е 10 000. (та же статья).
Таким образом, выйти и передать долю обществу юридически возможно (только если это прямо предусмотрено уставом (п. 1 ст. 26 ФЗ «Об ООО»)). Другое дело что является конечной целью для Вас.
Насколько я понимаю, Вам необходимо просто вывести участников из Общества, конфликтов между участниками нет.
На мой взгляд в такой ситуации лучше всего будет этим двум участникам продать свои доли по преимущественному праву (п. 4 ст. 21 ФЗ «Об ООО») остающемуся участнику (тот же результат, что Вы озвучили в вопросу 3, но проще). Нотариальное удостоверение договора купли-продажи при преимущественном праве не требуется (п. 11 указанной статьи).
Тем не менее также отвечу на вопросы.
1. При продаже участником третьему лицу договор купли-продажи необходимо удостверять у нотариуса (п. 11 ст. 21 ФЗ «Об ООО»).
2. НДФЛ улачивается раз в год (ст. 216 части 2 НК РФ).
3. То, что вы написали возможно, но в другой формулировке. После передачи обществу доли, общество обязано будет распределить долю на оставшегося участника (п. 2 ст. 24 ФЗ «Об ООО»). Т.е. этот участник приобретет эту долю у общества, а не будет увеличивать УК. Но проще сделать, как я написал выше.