Как оформить опеку над сестрой, если она с родителями нелегально находится в России?

Вопрос спорный, зависит от государства, гражданами которого являются эти люди. Ест международные договоры на эту тему. Если ребенка отберут у родителей, опеку теоретически оформить можно.  Отобрать могут при установлении наличия угрозы жизни или здоровью ребенка: (ст. 77 СК РФ).

из СК РФ:

СК РФ Статья 163. Права и обязанности родителей и детей

 
Права и обязанности родителей и детей, в том числе обязанность родителей по содержанию детей, определяются законодательством государства, на территории которого они имеют совместное место жительства. При отсутствии совместного места жительства родителей и детей права и обязанности родителей и детей определяются законодательством государства, гражданином которого является ребенок. По требованию истца к алиментным обязательствам и к другим отношениям между родителями и детьми может быть применено законодательство государства, на территории которого постоянно проживает ребенок.