Несет ли директор ВУЗа уголовную ответственность, если студентам не выплачивают стипендию?

Понесет. Данное деяние предусмотрено:

УК РФ Статья 145.1. Невыплата заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных выплат
1. Частичная невыплата свыше трех месяцев заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных установленных законом выплат, совершенная из корыстной или иной личной заинтересованности руководителем организации, работодателем — физическим лицом, руководителем филиала, представительства или иного обособленного структурного подразделения организации,
— наказывается штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до одного года, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на срок до одного года.
2. Полная невыплата свыше двух месяцев заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных установленных законом выплат или выплата заработной платы свыше двух месяцев в размере ниже установленного федеральным законом минимального размера оплаты труда, совершенные из корыстной или иной личной заинтересованности руководителем организации, работодателем — физическим лицом, руководителем филиала, представительства или иного обособленного структурного подразделения организации,
— наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до трех лет, либо принудительными работами на срок до трех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо лишением свободы на срок до трех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.
3. Деяния, предусмотренные частями первой или второй настоящей статьи, если они повлекли тяжкие последствия,
— наказываются штрафом в размере от двухсот тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет либо лишением свободы на срок от двух до пяти лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет или без такового.
Примечание. Под частичной невыплатой заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных установленных законом выплат в настоящей статье понимается осуществление платежа в размере менее половины подлежащей выплате суммы.

Если будет установлено что вашей заинтересованности нет, то однозначно ответственности вашей нет. На всякий случай готовьте документы о том, что к примеру деньги на счетах филиала отсутствуют, израсходованы на целевые задачи. Направьте письмо директору Вуза о том, что нет средств для выплаты стипендий. Такие и подобные документы позволят снять с вас ответственность и спать спокойно, потому что если хорошо поискать всегда можно найти «корыстный след».

Алексей коротко и ясно ответил на Ваш вопрос.

Добавлю лишь то, что необходимо исключить траты денежных средств на любые иные нужды, в том числе оплату коммунальных платежей. Тот факт, что без электричества организация не сможет работать и получать доход вовсе — законодателя, к сожалению, не волнует.