Здравствуйте!
Действующее законодательство не предусматривает в качестве основания прекращения права собственности на недвижимое имущество объединение двух объектов недвижимости в один с последующей постановкой на кадастровый и технический учет. Изменение объекта недвижимого имущества в связи с объединением двух комнат в квартире в один объект (двухкомнатную квартиру) без изменения внешних границ объекта не влечет за собой прекращения или перехода прав на него.
Таким образом, срок нахождения объекта недвижимости в собственности следует исчислять именно с момента приобретения второй комнаты, а не с момента регистрации изменений объекта недвижимости в связи с объединением комнат в квартиру (Определение Верховного Суда Российской Федерации от 06.04.2016 N 70-КГ15-16).
В Вашем случае момент приобретения второй комнаты был два года назад. Минимальный срок владения для освобождения от налога с продажи в случае приобретения после 01.01.16 составляет 5 лет; в случае приобретения до 01.01.16 составляет три года. Поэтому при продаже квартиры в ближайшее время Вам в любом случае придется заплатить НДФЛ.
Спасибо большое за консультацию.