Здравствуйте, Сергей! Участие в НИС не зависит от наличия или отсутствия жилья (если это жилье ранее не было получено в собственность от МО РФ).
Можете оформлять ЦЖЗ, без последствий (одно может быть — досрочное увольнение при определенных условиях, например, по НУК).
Статья 14. Право участника накопительно-ипотечной системы на получение целевого жилищного займа
1. Каждый участник накопительно-ипотечной системы не менее чем через три года его участия в накопительно-ипотечной системе имеет право на заключение с уполномоченным федеральным органом договора целевого жилищного займа в целях:
(в ред. Федерального закона от 04.12.2007 N 324-ФЗ)
1) приобретения жилого помещения или жилых помещений, приобретения земельного участка, занятого приобретаемыми жилым домом либо частью жилого дома и необходимого для их использования, под залог приобретаемых жилого помещения или жилых помещений, указанного земельного участка, а также приобретения жилого помещения или жилых помещений по договору участия в долевом строительстве;
(п. 1 в ред. Федерального закона от 28.06.2011 N 168-ФЗ)
2) уплаты первоначального взноса при приобретении с использованием ипотечного кредита (займа) жилого помещения или жилых помещений, приобретении земельного участка, занятого приобретаемыми жилым домом либо частью жилого дома и необходимого для их использования, уплаты части цены договора участия в долевом строительстве с использованием ипотечного кредита (займа) и (или) погашения обязательств по ипотечному кредиту (займу);
(п. 2 в ред. Федерального закона от 28.06.2011 N 168-ФЗ)
3) утратил силу. — Федеральный закон от 28.06.2011 N 168-ФЗ.