Здравствуйте, Елена!
Из вашего описания не совсем понятно на каком именно основании вам доначислили НДС. Если вы говорите о том, что должны были подать уточненную декларацию, но не подали, то скорее всего речь идет о вашей ошибке. То есть доначисление НДС вполне правомерно. В таком случае и обжаловать нечего.
А если все-таки начисление не правомерно, то сначала получайте решение, а потом подавайте апелляционную жалобу.
Статья 138. Порядок обжалования
1. Акты налоговых органов ненормативного характера, действия или бездействие их должностных лиц могут быть обжалованы в вышестоящий налоговый орган и (или) в суд в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом и соответствующим процессуальным законодательством Российской Федерации.
Жалобой признается обращение лица в налоговый орган, предметом которого является обжалование вступивших в силу актов налогового органа ненормативного характера, действий или бездействия его должностных лиц, если, по мнению этого лица, обжалуемые акты, действия или бездействие должностных лиц налогового органа нарушают его права.
Апелляционной жалобой признается обращение лица в налоговый орган, предметом которого является обжалование не вступившего в силу решения налогового органа о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения или решения об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения, вынесенного в соответствии со статьей 101 настоящего Кодекса, если, по мнению этого лица, обжалуемое решение нарушает его права.
В вашем случае подается именно апелляционная жалоба, так как речь идет о невступившем в силу решении.
Форма и порядок подачи жалобы:
Статья 139.2. Форма и содержание жалобы (апелляционной жалобы)
1. Жалоба подается в письменной форме. Жалоба подписывается лицом, ее подавшим, или его представителем.
Жалоба может быть направлена в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи или через личный кабинет налогоплательщика.
(абзац введен Федеральным законом от 01.05.2016 N 130-ФЗ)
Форматы и порядок представления жалобы в электронной форме утверждаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.
2. В жалобе указываются:
1) фамилия, имя, отчество и место жительства физического лица, подающего жалобу, или наименование и адрес организации, подающей жалобу;
2) обжалуемые акт налогового органа ненормативного характера, действия или бездействие его должностных лиц;
3) наименование налогового органа, акт ненормативного характера которого, действия или бездействие должностных лиц которого обжалуются;
4) основания, по которым лицо, подающее жалобу, считает, что его права нарушены;
5) требования лица, подающего жалобу;
6) способ получения решения по жалобе: на бумажном носителе, в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи или через личный кабинет налогоплательщика.
Не спорю, сперва придется пройти этот формальный момент, но думаю что какие то изменения могут быть только в случае суда.
Выше стоящая фнс — скорее всего оставит в силе решение первой.
Тем более фирма сообщений не получала по своей вине и не отвечала на запросы.