Как оплатить долг для того, чтобы не остаться без доли в ипотечной квартире?

У вас есть решение суда на руках. Вам его необходимо выполнять. 

Если есть вопросы по самому тексту решения, можно обратиться в суд, который его вынес с заявлением об разъяснении решения суда.

Если сам текст решения вопросов не вызывает, можете обратиться сначала в банк, для того, чтобы рассмотреть возможность открыть Вам отдельный счет для погашения ссудной задолженности. Обращение нужно оформить исключительно в письменной форме, в 2-х экземплярах, один из которых оставить в банке, на своем сделать отметку о получении банком обращения.

Дальше исходить из ситуации: если банк идет навстречу и предоставляет возможность для Вас выполнять решение суда — замечательно, если нет — тогда нужно действовать исходя из ответа банка. Устранять причины, по которым банк Вам отказал. При этом, считаю неправильно в данном вопросе ориентироваться на "Возможности вносить частями на расчетный счёт в банк за ипотеку нет, так как он мне запретил". Сейчас Ваши действия должны быть направлены на исполнение решения суда и никоим образом Вы не должны зависеть от желаний или нежеланий Вашего бывшего супруга в данном вопросе.

Как вариант возможно использовать депозит нотариуса или суда  — Вы вносите суммы в депозит нотариуса или суда и это будет являться подтверждением выполнения Вами решения суда.

Однако, смею заметить, что это все общие рекомендации. Что конкретно и как правильнее поступить именно в Вашем случае можно будет сказать только после изучения документов.