Причина в том, что в Томске есть арбитражный суд. Если зарегистрированы в Томске, то и документы должны подавать в него.
Статья 38. Исключительная подсудность
1. Иски о правах на недвижимое имущество предъявляются в арбитражный суд по месту нахождения этого имущества.
2. Иски о правах на морские и воздушные суда, суда внутреннего плавания, космические объекты предъявляются в арбитражный суд по месту их государственной регистрации.
3. Иск к перевозчику, вытекающий из договора перевозки грузов, пассажиров и их багажа, в том числе в случае, если перевозчик является одним из ответчиков, предъявляется в арбитражный суд по месту нахождения перевозчика.
3.1. Иск по спору, в котором лицом, участвующим в деле, является арбитражный суд, предъявляется в Арбитражный суд Московской области, за исключением случая, если лицом, участвующим в деле, является арбитражный суд, расположенный на территории Московского судебного округа. В этом случае иск предъявляется в Арбитражный суд Тверской области.
4. Заявление о признании должника банкротом подается в арбитражный суд по месту нахождения должника.
Арбитражный процессуальный кодекс РФ