Нужно ли платить налог на акции,полученные в наследство от сына?

Акции — это не недвижимое имущество, это ценные бумаги. Не понятно при чем тут вообще имущественный налоговый вычет (ст. 220 НК РФ).

При реализации обращающихся на ОРЦБ ценных бумаг, которые были приобретены после 01.01.2014 и находились в собственности более трех лет, кроме вычета расходов по ним, резиденты РФ вправе воспользоваться инвестиционным вычетом по НДФЛ. Если по операциям с обращающимися на ОРЦБ ценными бумагами получен отрицательный финансовый результат, можно воспользоваться налоговым вычетом в виде переноса убытков на будущие годы, но не более 10 лет (п. п. 12, 16 ст. 214.1, п. 1 ст. 219.1, ст. 220.1 НК РФ; п. 1 ст. 5 Закона от 28.12.2013 N 420-ФЗ).

ст 217 НК РФ Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период:
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от реализации ценных бумаг, а также на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;
(п. 17.1 в ред. Федерального закона от 29.11.2014 N 382-ФЗ)