Добрый день.
Я бы посоветовала Вам:
1. забрать у Разработчика подписанный с Вашей стороны акт выполненных работ (думаю, если деньги они не против вернуть, то и акт было бы хорошо забрать).
Если вернуть они Вам его не могут (например потеряли), то можно предложить между Заказчиком и Разработчиком составить соглашение о том, что по состоянию на такую-то дату такой-то договор не исполнен, подписанный акт выполненных работ юридической силы не имеет.
2. Разработчика и Третью организацию можно связать при помощи обыкновенного договора о переводе долга (ст. 391, 392 ГК РФ).
В силу которого Разработчик переводит свой долг (исполнение обязательств по договору) на Третью организацию. Важно помнить, что такой перевод может быть только с Вашего письменного согласия. Оно может быть выражено в форме отдельного документа, а можно будет договор о переводе долга сделать трехсторонним.
В договоре обязательно нужно будет указать, что денежные средства Разработчик обязан перечислить Третьей организации в такой-то срок.
Предложения в части перевода денег от Разработчика к Третьей организации простым письмом может быть черевато последствиями (т.к. по акту работы выполнены и Вами приняты, что может привести к взысканию долга с Вас, а в суде будете доказывать что данные работы вам не были переданы).
Спасибо за ответ. Впечатление, что к этим письмам или вместо них нужно добавить договор, чтобы перевод денег был невозвратным и его нельзя было обжаловать