Какие права у меня на муниципальную квартиру после смерти отца, если я был прописан?

К сожалению никаких прав. Раз квартира осталась муниципальная ей будут пользоваться те кто там остался прописанными, т.е. сестра и ее дети. Право на наследство открывается только если квартира или комната приватизированы.

Статья 209. Содержание права собственности

1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.

2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения, пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.