Выставили задолженность одним счётом, не сделали перерасчёт

Приведенная Вами ситуация рассмотрена в п. 61 Правил предоставления коммунальных услуг:

Постановление Правительства РФ от 06.05.2011 N 354
(ред. от 27.03.2018)
«О предоставлении коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов»
(вместе с «Правилами предоставления коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов»)

61. Если в ходе проводимой исполнителем проверки достоверности предоставленных потребителем сведений о показаниях индивидуальных, общих (квартирных), комнатных приборов учета и (или) проверки их состояния исполнителем будет установлено, что прибор учета находится в исправном состоянии, в том числе пломбы на нем не повреждены, но имеются расхождения между показаниям проверяемого прибора учета (распределителей) и объемом коммунального ресурса, который был предъявлен потребителем исполнителю и использован исполнителем при расчете размера платы за коммунальную услугу за предшествующий проверке расчетный период, то исполнитель обязан произвести перерасчет размера платы за коммунальную услугу и направить потребителю в сроки, установленные для оплаты коммунальных услуг за расчетный период, в котором исполнителем была проведена проверка, требование о внесении доначисленной платы за предоставленные потребителю коммунальные услуги либо уведомление о размере платы за коммунальные услуги, излишне начисленной потребителю. Излишне уплаченные потребителем суммы подлежат зачету при оплате будущих расчетных периодов.
Перерасчет размера платы должен быть произведен исходя из снятых исполнителем в ходе проверки показаний проверяемого прибора учета.
При этом, если потребителем не будет доказано иное, объем (количество) коммунального ресурса в размере выявленной разницы в показаниях считается потребленным потребителем в течение того расчетного периода, в котором исполнителем была проведена проверка.

Исходя из положений этой статьи Постановления следует, что  все потребленное ХВС, которое Вы не выставляли к оплате  управляющей компании необходимо выставить в тот период   в который была проведена проверка (если конечно Вы не пожелали представить доказательств о том, что водоснабжение было потреблено за более долгий срок), поэтому тут в принципе надо было выставлять задолженность в один месяц,  а не разбивать на три.