Илья, добрый день! В данном случае в силу ст 217 НК РФ налоговая видимо пересчитала НДФЛ в связи с тем, что раз имущество использовалось в предпринимательской деятельности освобождение от налога, предусмотренное указанной статьей при сроке владения более трех лет не применяется
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;
физические лица формально не являются плательщиками НДС, однако сформировавшаяся на уровне Верховного суда позиция такова, что если физлицо осуществляет предпринимательскую деятельность без регистрации, решение о доначислении по соответствующим операциям со стороны налоговой НДС такому лицу несмотря на отсутствие у него статуса ИП правомерно. Что касается списания задолженностей по 436-ФЗ то согласно ст. 12 указанного закона
Установить, что признаются безнадежными к взысканию и подлежат списанию недоимка по транспортному налогу, налогу на имущество физических лиц, земельному налогу, образовавшаяся у физических лиц по состоянию на 1 января 2015 года, задолженность по пеням, начисленным на указанную недоимку, числящиеся на дату принятия налоговым органом в соответствии с настоящей статьей решения о списании признанных безнадежными к взысканию недоимки и задолженности по пеням.
то есть по конкретным налогам. В вашем случае как понимаю недоимка возникла по НДФЛ и НДС в связи с продажей недвижимости в 2014 году, т.е. на 01.01.2015 ее еще не было с учетом срока уплаты НДФЛ (не позднее 15.07. след. года). Но в данном случае вопрос даже не в сроке а в самом виде налога