Входят ли пени в общую сумму долга, при подаче заявления в мировой суд?

Здравствуйте. Цена иска представляет собой  материальные  требования заявителя. А поскольку она выражена в  конечном итоге в денежном выражении, то  неустойка, как  ответственность, также  включается в стоимость иска, равно как и  проценты, штрафы, пени.

Вам в районный суд общей юрисдикции, так как цена иска превышает 50 000 руб.  Пени входит в цену иска.

Добры день! Если речь о выдаче судебного приказа, то мировые судьи выдают Сп на сумму до 500т.р.

ГПК РФ. Статья 121. Судебный приказ
 
1. Судебный приказ — судебное постановление, вынесенное судьей единолично на основании заявления о взыскании денежных сумм или об истребовании движимого имущества от должника по требованиям, предусмотренным статьей 122 настоящего Кодекса, если размер денежных сумм, подлежащих взысканию, или стоимость движимого имущества, подлежащего истребованию, не превышает пятьсот тысяч рублей.
(часть 1 в ред. Федерального закона от 02.03.2016 N 45-ФЗ)

2. Судебный приказ является одновременно исполнительным документом и приводится в исполнение в порядке, установленном для исполнения судебных постановлений.

Не забудьте про пошлину. 

«Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)» от 05.08.2000 N 117-ФЗ(ред. от 04.06.2018) 4.1) при подаче заявления о выдаче судебного приказа — 50 процентов размера государственной пошлины, взимаемой при подаче искового заявления имущественного характера;http://www.consultant.ru/law/podborki/gosposhlina_sudebnyj_prikaz/© КонсультантПлюс, 1997-2018

Пеня входит в цену иска. Но у вас не исковое производство.