Здравствуйте!
1. До недавнего времени цессия (уступка требования по оплате Контракта) в рамках 44-ФЗ не предусматривалась. Но Верховный Суд в определении от 20.04.2017 N 307-ЭС16-19959 высказал иную позицию. Ключевое в позиции суда:
Часть 5 ст. 95 Закона N 44-ФЗ является специальной нормой, устанавливающей исключительно запрет на перемену поставщика (исполнителя, подрядчика) при исполнении контракта и не препятствующей совершению уступки прав (требований) из контракта по оплате
Таким образом, оплата третьему лицу в рамках 44-ФЗ вполне осуществима. Рекомендую проверить Контракт(там не должно быть запретов на уступку).
2. В практике также встречается выплата заработной платы работникам от третьего лица. Например, по делу А29-3426/06А подобный казус описан.