Наталия, здравствуйте!
В соответстие с ч. 1 ст. 346.28 НК РФ налогоплательщиками [ЕНВД] являются организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие на территории муниципального района, городского округа, городов федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга и Севастополя, в которых введён единый налог, предпринимательскую деятельность, облагаемую единым налогом, и перешедшие на уплату единого налога в порядке, установленном настоящей главой. Организации и индивидуальные предприниматели переходят на уплату единого налога добровольно.
Таким образом, Вы имеете право не применять ЕНВД, а остаться на УСН. В соответствие со ст. 181 НК РФ реализация лекарственных средств не является основанием для отказа в применении УСН.
В соответствие с Положением о лицензировании фармацевтической деятельности, утверждённого Постановлением Правительства РФ от 22.12.11 №1081, при наличии лицензии на озничную торговлю лекартвенными средствами для медицинского применения, Вы не в праве осуществлять оптовую торговлю.
НО!
В соответствие с п. 1 ст. 492 ГК РФ по договору розничной купли-продажи продавец, осуществляющий предпринимательскую деятельность по продаже товаров в розницу, обязуется передать покупателю товар, предназначенный для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью.
Договор розничной купли-продажи не запрещает Вам продавать лекарственные средства юридическим лицам.