Ксения, добрый день.
Попробуйте обжаловать в апелляционном порядке решение первой инстанции в части отнесения на ответчика расходов по уплате госпошлины. Обоснование — пункт 16 Постановления Пленума ВАС от 11.07.2014 № 46 (подчеркивание моё):
16. В тех случаях, когда до окончания рассмотрения дела государственная пошлина не была уплачена (взыскана) частично либо в полном объемеввиду действия отсрочки, рассрочки по уплате госпошлины, увеличения истцом размера исковых требований после обращения в арбитражный суд, вопрос о взыскании неуплаченной в федеральный бюджет государственной пошлины разрешается судом исходя из следующих обстоятельств.
Если суд удовлетворяет заявленные требования, государственная пошлина взыскивается с другой стороны непосредственно в доход федерального бюджета применительно к части 3 статьи 110 АПК РФ. При отказе в удовлетворении требований государственная пошлина взыскивается в федеральный бюджет с лица, увеличившего размер заявленных требований после обращения в суд, лица, которому была дана отсрочка или рассрочка в уплате государственной пошлины.
Оговорюсь, что это правило применимо к самому простому случаю: гражданско-правовой иск, один истец и один ответчик. Если была множественность лиц, оспаривание ненормативного акта гос.органа, какое-нибудь процессуальное правопреемство, изменения размера требований или еще какие-то осложнения, вопрос необходимо прорабатывать дополнительно.
С уважением, Павел Гутников
Адвокат, член Санкт-Петербургской городской коллегии адвокатов