Каким образом воспрепятствовать предпринимательской деятельности в муниципальной квартире?

Добрый день, Сергей.
Да, можно, но только когда бизнес уже создан и права нарушаются.

Статья 17. Назначение жилого помещения и пределы его использования. Пользование жилым помещением
 

1. Жилое помещение предназначено для проживания граждан.
2. Допускается использование жилого помещения для осуществления профессиональной деятельности или индивидуальной предпринимательской деятельности проживающими в нем на законных основаниях гражданами, если это не нарушает права и законные интересы других граждан, а также требования, которым должно отвечать жилое помещение.
3. Не допускается размещение в жилых помещениях промышленных производств, а также осуществление в жилых помещениях миссионерской деятельности, за исключением случаев, предусмотренных статьей 16 Федерального закона от 26 сентября 1997 года N 125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях».

4. Пользование жилым помещением осуществляется с учетом соблюдения прав и законных интересов проживающих в этом жилом помещении граждан,соседей, требований пожарной безопасности, санитарно-гигиенических, экологических и иных требований законодательства, а также в соответствии с правилами пользования жилыми помещениями, утвержденными уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.

Жалобу по факту организации бизнеса необходимо подавать в прокуратуру.
Если потребуется помощь — обращайтесь.