Правомерно ли вновь начислили пени по НДС, если все прежние долги мы оплатили?

Спасибо, но вы мне дали нормативные акты по начислению пени, я о них знаю. Обязанность по уплате налога и пени у меня возникнет когда решение вступит в силу. На дату составления акта зафиксирована сумма по пени. Для ознакомления, для принятия мер, возражений по акту мне по закону положен месяц. Я ничего не стала оспаривать, добровольно, раньше срока заплатила НДС и Пеню. Так на основании чего, «пока я думала и читала» мне пеня начислялась?

Да, действительно на основании вынесенного решения лицу направляется требование об уплате налога. В соответствии с п. 4 ст. 69 НК РФ требование об уплате налога должно содержать сведения о сумме задолженности по налогу, размере пеней, начисленных на момент направления требования, сроке исполнения требования, а также мерах по взысканию налога и обеспечению исполнения обязанности по уплате налога, которые применяются в случае неисполнения требования налогоплательщиком. Выделенная формулировка не случайна. Если недоимка имеется на момент составления акта, вынесения решения или уже направления требования, то окончательный размер пени подлежит определению все равно в соответствии со ст. 75 НК РФ. Т.е. даже если Вы платите пени по требованию об уплате в котором написана конкретная сумма пеней, но платите через неделю, пени Вы все равно должны будете рассчитать и уплатить по день день погашения. 

В частности, с этим связана проблема  взыскания в судебном порядке пени за неуплату налога, поскольку сумма пеней подлежит начислению за каждый день просрочки (опять же ст. 75 НК РФ). Соответственно, сумма пеней, указанная в требовании об уплате налога, возрастет на момент обращения налогового органа в суд, продолжит расти до момента вынесения судом решения и будет далее увеличиваться вплоть до фактического взыскания (уплаты) налога, на сумму которого она начисляется. 

Вариант решения данной проблемы предложен в п. 61 Постановления Пленума ВАС РФ от 30 июля 2013 г. № 57: в тех случаях, когда в состав требований налогового органа включено требование о взыскании пеней и к моменту обращения налогового органа в суд недоимка не погашена налогоплательщиком, названный орган в ходе судебного разбирательства вправе на основании ст. 49 АПК РФ увеличить размер требований в части взыскания пеней. При погашении налогоплательщиком недоимки до принятия судом решения по заявлению налогового органа размер подлежащих взысканию пеней указывается в решении суда в твердой сумме. Если на момент принятия решения сумма недоимки не уплачена налогоплательщиком, в решении суда о взыскании с налогоплательщика пеней должны содержаться следующие сведения: размер недоимки, на которую начислены пени; дата, начиная с которой производится начисление пеней; процентная ставка пеней с учетом положений ст. 75 НК РФ; указание на то, что пени подлежат начислению по день фактической уплаты недоимки.

Ну последние два абзаца это уже примеры на вольную тему и не относятся к Вашей ситуации. Но я думаю суть моей мысли ясна — пени в любом случае рассчитываются вплоть до дня уплаты налога.