Как быть, если отказали в регистрации ООО из-за недействительного адреса?

Арсений!

Отказать могли, если жилое помещение не является местом жительства генерального директора.

Возможно, Вы неправильно указали адрес в форме Р11001.

Если все верно, Вы являетесь ГД и это Ваше место жительства, то рекомендую обжаловать в вышестоящий орган ФНС решение путем составления жалобы в свободной форме и направления в ФНС по почте или подачи непосредственно в канцелярию инспекции.

Процедура и требования к заявлению содержатся в разделе VIII.1 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей».