Здравствуйте!
У есть право на налоговый вычет в размере 1 000 000 рублей.
П. 2 ст. 220 НК РФ:
«1) имущественный налоговый вычет предоставляется: в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей»
То есть НДФЛ можно заплатить только с 500 000. Больше никак не минимизировать