Можно ли будет купить квартиру в ипотеку после постановки в очередь для получения субсидии?

Добрый день, Иван! Согласно Федеральному закону об ипотеке, 

По договору о залоге недвижимого имущества (договору об ипотеке) одна сторона — залогодержатель, являющийся кредитором по обязательству, обеспеченному ипотекой, имеет право получить удовлетворение своих денежных требований к должнику по этому обязательству из стоимости заложенного недвижимого имущества другой стороны — залогодателя преимущественно перед другими кредиторами залогодателя, за изъятиями, установленными федеральным законом.
Залогодателем может быть сам должник по обязательству, обеспеченному ипотекой, или лицо, не участвующее в этом обязательстве (третье лицо).
Имущество, на которое установлена ипотека, остается у залогодателя в его владении и пользовании.
2. К залогу недвижимого имущества, возникающему на основании федерального закона при наступлении указанных в нем обстоятельств (далее — ипотека в силу закона), соответственно применяются правила о залоге, возникающем в силу договора об ипотеке, если федеральным законом не установлено иное.

В случае возникновения ипотеки в силу закона залогодатель и залогодержатель вправе заключить соглашение, регулирующее их отношения, в форме, предусмотренной для договора об ипотеке.

3. Общие правила о залоге, содержащиеся в Гражданском кодексеРоссийской Федерации, применяются к отношениям по договору об ипотеке в случаях, когда указанным Кодексом или настоящим Федеральным законом не установлены иные правила.
4. Залог земельных участков, предприятий, зданий, сооружений, квартир и другого недвижимого имущества может возникать лишь постольку, поскольку их оборот допускается федеральными законами.     

ограничений о возможности заключения договора ипотечного кредитования при участии граждан в каких-либо государственных или муниципальных программах, закон не содержит. Если ваше финансовое положение позволяет оформить ипотеку, участие в программе по улучшению жилищных условий никак на этом не отразится.