Здравствуйте, Эдуард!
Действительно в соответствии со ст. 11 Федерального закона от 25.07.2002 N 113-ФЗ (ред. от 28.12.2016) «Об альтернативной гражданской службе»
1. Граждане вправе подать заявления о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой в военный комиссариат, где они состоят на воинском учете, в следующие сроки:
до 1 апреля — граждане, которые должны быть призваны на военную службу в октябре — декабре текущего года;
до 1 октября — граждане, которые должны быть призваны на военную службу в апреле — июне следующего года.
То есть формально, вы получили гражданство в июне и подлежали призыву в рамках призывной компании апреля-июля 2018 года (если к тому времени вы достигли призывного возраста), соответственно заявление вы должны были подать до 1 октября 2017 г. Однако вы в этом момент еще не являлись гражданином РФ и не подлежали призыву.
Согласно п. 4 ст. 12 Закона
4. Гражданину может быть отказано в замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой в случаях, если:он нарушил срок и (или) порядок подачи заявления о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой, определяемые статьей 11 настоящего Федерального закона и положением о порядке прохождения альтернативной гражданской службы;
Однако сам факт нарушения вами срока подачи заявления не лишает вас права пройти АГС, исходя из правовой позиции Конституционного Суда РФ, выраженной в Определение от 17.10.2006 N 447-О
Таким образом, статья 11 Федерального закона «Об альтернативной гражданской службе» по своему конституционно-правовому смыслу в системе действующего законодательства, закрепляющая обязанность гражданина довести до сведения призывной комиссии, иного уполномоченного органа, а также суда доводы о наличии у него убеждений или вероисповедания, которые противоречат несению военной службы, не может рассматриваться как устанавливающая такие сроки обращения гражданина с заявлением о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой, которые в случае их пропуска по уважительным причинам не могли бы быть восстановлены судом или иным правоприменительным органом.
В данном случае, в период, когда вы должны были подать заявление об АГС вы вообще не были российским гражданином, что можно рассматривать в качестве уважительной причины пропуска срока подачи заявления, поэтому, я считаю, основания для обжалования отказа призывной комиссии в удовлетворении заявления о замене военной службой альтернативной имеются.
Сейчас у вас есть 3 месяца на то, чтобы получить письменный отказ призывной комиссии, написать административное исковое заявление и обратиться в суд по месту нахождения военкомата, приложив к заявлению все подтверждающие документы.
Для составления заявления рекомендовал бы вам обратиться к юристу, так как дело будет довольно сложное.
Госпошлина составит 300 руб.
Срок обращения с иском — 3 месяца после принятия решения об отказе в предоставлении альтернативной службы. (ст. 219 КАС РФ).
Подавайте заявление в районный суд по месту нахождения военкомата либо по месту своего жительства (исходя из ст. 24 КАС РФ). Во избежание споров лучше подать в районный суд по месту нахождения военкомата.