Каковы сложности в оформлении двухэтажного дома с документами как одноэтажный?

Здравствуйте, Анастасия  Юрьевна! Вероятнее всего, что это не ошибка в документах, а предыдущим владельцем была произведена реконструкция дома. которая не узаконена, то есть дом в реконструированном виде не введён в гражданский оборот как объект. Юридически приобрести Вы сейчас можете только тот объект, который зарегистрирован. Либо предложите продавцу узаконить реконструкцию до продажи. Если это сделано не будет, ВАм придётся заниматься узакониванием самим.

Согласно ч.5 ст. 16 ФЗ 340 от 03.08.2018 года 

5. Правообладатель дачного или садового земельного участка, правообладатель земельного участка, предназначенного для индивидуального жилищного строительства или для ведения личного подсобного хозяйства, в границах населенного пункта, на которых до дня вступления в силу настоящего Федерального закона начаты строительство или реконструкция жилого дома, жилого строения или объекта индивидуального жилищного строительства, вправе до 1 марта 2019 года направить в уполномоченные на выдачу разрешений на строительство федеральный орган исполнительной власти, орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации или орган местного самоуправления предусмотренное частью 1 статьи 51.1 Градостроительного кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона) уведомление о планируемых строительстве или реконструкции на соответствующем земельном участке жилого дома, жилого строения или объекта индивидуального жилищного строительства. При этом применяются положения статьи 51.1, частей 16 — 21 статьи 55 Градостроительного кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона). В данном случае получение разрешения на строительство и разрешения на ввод объекта в эксплуатацию не требуется.
6. В случае, предусмотренном частью 5 настоящей статьи, государственный кадастровый учет и государственная регистрация прав на созданные на дачном или садовом земельном участке, земельном участке, предназначенном для индивидуального жилищного строительства или ведения личного подсобного хозяйства, в границах населенного пункта жилой дом, жилое строение или объект индивидуального жилищного строительства осуществляются по правилам государственного кадастрового учета и государственной регистрации прав на объекты индивидуального жилищного строительства, садовые дома, предусмотренным Федеральным законом от 13 июля 2015 года N 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости» (в редакции настоящего Федерального закона).

Смысл нормы в том. что до 1 марта 2019 года можно просто направить уведомление о реконструкции, и при этом обратиться в Росреестр и зарегистрировать право на изменённый объект. Для регистрации нужно будет подготовить техплан на весь дом, для этого обратитесь к кадастровому инженеру.