Может ли один человек подписать договор отчуждения исключительного права на изобретение если он правообладатель отчуждает все ООО, где он же ген.директор

Здравствуйте, да, в данном случае это возможно, законом не запрещается подобная сделка, сам факт того, что будут с обеих сторон подписать один и тот же человек не влечет каких-либо правовых последствий для сторон. Такой договор можно подписать. Право же перейдет к ООО, а учредитель не имеет к права ООО отношений.

ГК РФ Статья 56. Ответственность юридического лица

1. Юридическое лицо отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом.
2. Учредитель (участник) юридического лица или собственник его имущества не отвечает по обязательствам юридического лица, а юридическое лицо не отвечает по обязательствам учредителя (участника) или собственника, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом или другим законом.

Добрый день! 

Может ли он подписать договор отчуждения исключительного права на изобретение с двух сторон(кроме него в ооо еще химик работает и все)? Сопоставимо это с законодательством или есть другой способ?

Да, возможно здесь нет совпадения сторон, а есть именно две стороны: юридическое лицо (покупатель) и физическое лицо (продавец)

На что нужно обратить внимание: 

1) Сделка будет заключаться между взаимозависимыми лицами, цена сделки не должна отличаться от рыночной.

НК РФ Статья 105.1. Взаимозависимые лица

7) организация и лицо, осуществляющее полномочия ее единоличного исполнительного органа;

2) физическое лицо и организация в случае, если такое физическое лицо прямо и (или) косвенно участвует в такой организации и доля такого участия составляет более 25 процентов;

Статья 105.3. Общие положения о налогообложении в сделках между взаимозависимыми лицами
 
1. В случае, если в сделках между взаимозависимыми лицами создаются или устанавливаются коммерческие или финансовые условия, отличные от тех, которые имели бы место в сделках, признаваемых в соответствии с настоящим разделом сопоставимыми, между лицами, не являющимися взаимозависимыми, то любые доходы (прибыль, выручка), которые могли бы быть получены одним из этих лиц, но вследствие указанного отличия не были им получены, учитываются для целей налогообложения у этого лица.

2) Сделка будет считаться сделкой с заинтересованностью и потребует одобрения в соответствии с уставом. 

Статья 45. Заинтересованность в совершении обществом сделки

1. Сделкой, в совершении которой имеется заинтересованность, признается сделка, в совершении которой имеется заинтересованность члена совета директоров (наблюдательного совета) общества, единоличного исполнительного органа, члена коллегиального исполнительного органа общества или лица, являющегося контролирующим лицом общества, либо лица, имеющего право давать обществу обязательные для него указания.
Указанные лица признаются заинтересованными в совершении обществом сделки в случаях, если они, их супруги, родители, дети, полнородные и неполнородные братья и сестры, усыновители и усыновленные и (или) подконтрольные им лица (подконтрольные организации):
являются стороной, выгодоприобретателем, посредником или представителем в сделке;
являются контролирующим лицом юридического лица, являющегося стороной, выгодоприобретателем, посредником или представителем в сделке;
занимают должности в органах управления юридического лица, являющегося стороной, выгодоприобретателем, посредником или представителем в сделке, а также должности в органах управления управляющей организации такого юридического лица.

Здравствуйте. В этом случае нет никаких проблем — в одном случае физлицо выступает от своего имени, а в другом — является единоличным исполнительным органом Общества. Согласно Закону «Об ООО» именно 

Статья 40. Единоличный исполнительный орган общества

1. Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор, президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества. Единоличный исполнительный орган общества может быть избран также не из числа его участников.
3. Единоличный исполнительный орган общества:

1) без доверенности действует от имени общества, в том числе представляет его интересы и совершает сделки;

2) выдает доверенности на право представительства от имени общества, в том числе доверенности с правом передоверия;

3) издает приказы о назначении на должности работников общества, об их переводе и увольнении, применяет меры поощрения и налагает дисциплинарные взыскания;

4) осуществляет иные полномочия, не отнесенные настоящим Федеральным законом или уставом общества к компетенции общего собрания участников общества, совета директоров (наблюдательного совета) общества и коллегиального исполнительного органа общества.

То есть совпадения двух лиц тут не имеется. При этом надо учитывать, что цена договора об отчужддении исключительного права будет находиться под контролем налогового органа, поскольку директор и ООО являются взаимозависимыми лицами, поэтому надо внимательно смотреть за тем, чтобы стоимость отчуждения не слишком отличалась от рыночной в ту или иную сторону. Лучше бы получить экспертное заключение на эту тему и проводить сделку по указанной экспертом цене.