Кто имеет право ставить свои водяные знаки на моих фото?

Здравствуйте, Ярослав, если Вы автор фотографий, и не предоставляли права на использование данных произведений, Вы вправе предъявить претензии о нарушении авторских и исключительных прав.

При этом, необходимо сделать нотариальный осмотр сайта, затем направить письменную досудебную претензию. Если ее не удовлетворят ( 99% случаев), можно подавать исковое заявление в суд.

Статья 1301. Ответственность за нарушение исключительного права на произведение
В случаях нарушения исключительного права на произведение автор или иной правообладатель наряду с использованием других применимых способов защиты и мер ответственности, установленных настоящим Кодексом (статьи 1250, 1252 и 1253), вправе в соответствии с пунктом 3 статьи 1252 настоящего Кодекса требовать по своему выбору от нарушителя вместо возмещения убытков выплаты компенсации:
1) в размере от десяти тысяч рублей до пяти миллионов рублей, определяемом по усмотрению суда исходя из характера нарушения;
2) в двукратном размере стоимости контрафактных экземпляров произведения;
3) в двукратном размере стоимости права использования произведения, определяемой исходя из цены, которая при сравнимых обстоятельствах обычно взимается за правомерное использование произведения тем способом, который использовал нарушитель.

На практике чаще всего за каждое изображение суд взыскивает минимальную сумму в 10 тыс. рублей,  может и  увеличить (а, в редких случаях уменьшить), это зависит от множества обстоятельств самого нарушения исключительных прав.

Если Вы имеете ввиду 3 года как срок исковой давности, то можете не переживать, нарушение есть в настоящее время и это главное, а то что они там опубликованы 3 года — это только отягчает нарушение.