Уважаемая Наталья, здравствуйте!
И облагается ли это налогом на доходы.
Излишне уплаченные и затем возращенные сумм налогов, сборов и обязательных взносов не являются доходом данного предприятия и налог с них оно платить не должно.
См., например, Письмо Минфина РФ от 16.10.2009г. № 03-11-06/2/211:
Возвращенные (зачтенные) налогоплательщикам из бюджета суммы излишне уплаченных (взысканных) налогов не учитываются при определении объекта налогообложения в составе доходов, так как эти суммы не являются экономической выгодой,
Полученные деньги Вы можете вывести через выплату как участнику ликвидированной организации, как указал коллега, а можете как выплату вознаграждения себе как ликвидатору, но в таком случае нужно будет уплатить, помимо13% НДФЛ, еще и страховые взносы.
Каким образом я смогу снять эти деньги с расчетного счета? Чековой книжки не было
Путем перевода платежным поручением на реквизиты Вашего банковского счета (банковской карты).
С уважением, Артемьев Роман
P.S. При возникновении других вопросов или необходимости в подготовке документов - обращайтесь в чат к юристу.