Может ли гражданская супруга выселить из ипотечного жилья, если она делала первоначальный взнос?

Мы в равных долях. Может ли она меня выселить из квартиры?

нет, не может выселить, т.к. вы сособственники. Вы сами пишите, что у вас равные доли в квартире, т.е. по 1/2 доли. На основании этого и вы и она обладаете правом пользования, распоряжения и владения данной квартирой на равных правах согласно ст. 209 ГК РФ, 31 ЖК РФ.

Если в будущем она или вы решите продать свои доли, то вы должны будете соблюдать права, предусмотренные ст. 250 ГК РФ.