Добрый день,
Основная разница в том, что некоммерческая организация не преследует извлечение прибыли в качестве основной цели (а например, создана в целях популяризации киберспорта, что не препятствует конечно получению прибыли в качестве «побочного» продукта деятельности) и не распределяет полученную прибыль среди учредителей. В таком случае вы сможете получать вознаграждение, например, за выполнение определенных должностных обязанностей, скажем директора, организатора и т.п.
ООО направлено на получение прибыли и рассматривает киберспорт просто как инструмент для получения таковой, при этом прибыль распределяется среди учредителей ООО.
Есть разница в оформлении привлекаемых средств и отчетности.