Директор хочет подать в суд за то, что самовольно забрал назначенную им сумму зарплаты из кассы

Если есть документ и свидетели, то кроме потраченного времени и нервов ни чего Вам не грозит. А вот директору можно напомнить что сушествует трудовая инспекция и можно пригласить её к Вам на работу в «гости» с проверкой, как так получилось что Вы не трудоустроены официально. За нарушение в сфере трудового законодательства предусмотренны не маленькие штрафы.

За выдачу зарплаты не полагается никакой ответственности, а вот работодателя могут привлечь к ответственности за отсутствие договора.

Все зависит от того, что было написано по зарплате и кем. Вообще-то так зарплату не выдают. И, по общему правилу, ВЫ действительно совершили кражу, а то что ВЫ не оформлены по ТК РФ, эта одна ответственность для работодателя (как правило административная), а вот кража, эта УК РФ. Поэтому Вам нужно серьезно подумать над этой ситуацией.