Можно ли оспорить решение налоговой в данном случае?

Здравствуйте, Евгений.

Практика учёта данных расходов почему-то зависит от конкретной налоговой, хотя есть разъяснения Минфина России от 20.01.2015 № 03-04-05/1127 о том, что при продаже имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, он вправе уменьшить сумму подлежащего налогообложению дохода на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества. Перечень фактических расходов налогоплательщика на приобретение квартиры установлен подпунктом 4 пункта 3 статьи 220 Кодекса. 

Ст. 220 НК РФ:3. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 3 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:

4) в фактические расходы на приобретение квартиры, комнаты или доли (долей) в них могут включаться следующие расходы: расходы на приобретение квартиры, комнаты или доли (долей) в них либо прав на квартиру, комнату или доли (долей) в них в строящемся доме; расходы на приобретение отделочных материалов; расходы на работы, связанные с отделкой квартиры, комнаты или доли (долей) в них, а также расходы на разработку проектной и сметной документации на проведение отделочных работ;

Аналогичный ответ содержится и в Письме Минфина от 8 июля 2016 г. N БС-4-11/12373@

Таким образом, при продаже имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, он вправе уменьшить сумму подлежащего налогообложению дохода на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
Перечень фактических расходов налогоплательщика на приобретение квартиры установлен подпунктом 4 пункта 3 статьи 220 Кодекса.
Таким образом, при проведении отделочных и строительных работ физическим лицом понесены расходы, которые, по мнению ФНС России, могут уменьшать налоговую базу по доходам при продаже жилья наряду с прямыми расходами, связанными с покупкой непосредственно самой квартиры, приобретаемой без отделки.

Опираясь на данные разъяснения, вам необходимо попытаться оспорить отказ налоговой.