Мы надумали продавать квартиру: пойдет ли сестра вместе с нами в новую квартиру или будет выписана автоматически?

Автоматически никто сестру не выпишет. Квартиру вы получили по приватизации или купили? Сестра на момент приватизации была зарегистрирована? Если она была зарегистрирована на момент приватизации и отказалась от приватизации, то в договоре купли-продажи вы обязаны указать ее бессрочное право пользования жилым помещением, в противном случае она вправе признать данный договор недействительным. Если сестра была прописана в квартиру после приватизации, то снять с регучета ее смогут новые собственники, но в судебном порядке

Она должна выписаться сама или вы ее можете выписать только в судебном порядке. Автоматически здесь ничего не происходит.