Здравствуйте я военнослужащих по контракту, служу с 2016 года(2 года 9 месяцев).В 2014 году поступил в

Воинские звание старший сержант.Должность солдатская

В Вашем случае действия командования правомерны. 

Но причина не в том, что Вы учитесь на коммерческой основе, а в том, что непрерывная продолжительность службы у вас менее трех лет.

В силу постановления  Правительства РФ от 03.11.2014 N 1155 «О порядке реализации права военнослужащих, проходящих военную службу по контракту (за исключением офицеров), непрерывная продолжительность военной службы по контракту которых составляет не менее 3 лет, на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения»

1. Настоящие Правила регулируют в соответствии с абзацем вторым пункта 2 статьи 19 Федерального закона «О статусе военнослужащих» вопросы, связанные с реализацией военнослужащими, проходящими военную службу по контракту (за исключением офицеров), непрерывная продолжительность военной службы по контракту которых составляет не менее 3 лет (далее — военнослужащие), права на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения.

Речь идет именно о непрерывной продолжительности военной службы.

Тот факт, что Вы обучаетесь на коммерческой основе правового значения не имеет.

На это было обращено внимание в Определение Конституционного Суда РФ от 17.07.2018 N 1910-О

Одновременно в абзаце втором пункта 2 статьи 19 названного Федерального закона было закреплено право военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, на обучение по программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования, если непрерывная продолжительность военной службы по контракту составляет не менее трех лет.
Следовательно, оспариваемые А.А. Козловым положения являются элементами правового механизма реализации указанной категорией граждан конституционного права на образование, установлены на основе баланса публичных и частных интересов, в равной мере распространяются на всех военнослужащих и не могут расцениваться как нарушающие конституционные права заявителя, самостоятельно поступившего в образовательное учреждение среднего профессионального образованияс заключением договора об оказании платных образовательных услуг.

Именно срок службы и будет являться препятствием для предоставления вам отпуска.

В подтверждение сказанного приведу выводы изложенные в Определение Конституционного Суда РФ от 27.02.2018 N 364-О

Как следует из представленных материалов, заявитель — военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, который до заключения контракта самостоятельно поступил в высшее учебное заведение (на платной основе). Командир воинской части отказал И.В. Жучкову в предоставлении учебного отпуска для прохождения промежуточной аттестации, поскольку непрерывная продолжительность его военной службы по контракту менее трех лет. Решением Московского гарнизонного военного суда от 22 ноября 2016 года, оставленным без изменений судом вышестоящей инстанции, заявителю было отказано в удовлетворении административного заявления, в том числе о признании неправомерными действий командира воинской части.
Законодатель, действуя в рамках предоставленной ему дискреции, закрепил в абзаце втором пункта 2 статьи 19 Федерального закона «О статусе военнослужащих» право военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, на обучение по программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования,поставив реализацию данного права в зависимость от непрерывной продолжительности военной службы по контракту (не менее трех лет).