Здравствуйте, Владислав
Вы пишите, что ООО перевело Вам оплату по заказу в размере 60000 т.р., которые не облагались НДС, за разработку ПО и полугодовой контроль за сервером.
Не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) реализация (а также передача, выполнение, оказание для собственных нужд) на территории Российской Федерации исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора (п.п.26 п.2 ст.149 НК РФ)
Т.е. если Вы передаете исключительные права либо неисключительные права (по лицензионному договору) на программное обеспечение, которое разработали сами, то стоимость этого ПО облагаться НДС не будет, если же в стоимость оплаты включены Ваши услуги по техническому обслуживанию ПО в виде контроля за сервером, то данные услуги не подпадают под освобождение от НДС.
Вам необходимо разделить предмет договора, вычленив из общей стоимости заказа стоимость Ваших услуг. Эти услуги должны облагаться НДС по ставке 20% (НДС сверху или включен в стоимость-Вы должны обговорить с Заказчиком — лучше подписать доп.соглашение). Указанные услуги Вам необходимо выставлять ежемесячно (в течение полугода) и выставлять счет-фактуру, по итогам двух кварталов необходимо эти счета-фактуры отразить в налоговой декларации (в книге продаж)
По итогам года Вам необходимо составить декларацию 3-НДФЛ, в которой отразить доход без учета НДС, с которого исчислить НДФЛ в размере 13%. Если Вы несли для осуществления своей деятельности какие-либо расходы (выводили на карту) и сохранили документы, подтверждающие эти расходы, то данные расходы нужно отразить в декларации 3-НДФЛ как профессиональный вычет (ст.221 НК РФ), чем снизить налогооблагаемую базу НДФЛ
п. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ освобождает от налогообложения НДС, но это только как уже сказала коллега при разработке ПО.