Мы строительная организация и налоговая требует что бы мы заплатили налоги со всего фонда заработной платы, который отражен в актах выполненных работ, а это примерно 2 млн

Уважаемый Дмитрий, здравствуйте!

Скорее всего, налоговая считает недостоверными представленные Вами сведения о количестве работников в Вашей организации.

Возможно, их смущает противоречие между сведениями о том, что

Наемный работник один, т. е я. 

и объемом выполняемых Вашим ООО подрядных работ

 За прошлый год ООО заключило 35 муницыпальных контрактов на сумму около 7 млн. руб.

и они подозревают, что один человек не в состоянии выполнить эти работы. Отсюда обоснованное подозрение, что Вы используете труд неучтенных работников, не уплачивая соответствующие налоги и взносы.

В данной ситуации налоговая вправе определить налог, подлежащий уплате, расчетным путем, в том числе на основании актов выполненных работ:

Ст.31 Налогового кодекса РФ

1. Налоговые органы вправе:

7) определять суммы налогов, подлежащие уплате налогоплательщиками в бюджетную систему Российской Федерации, расчетным путем на основании имеющейся у них информации о налогоплательщике, а также данных об иных аналогичных налогоплательщиках в случаях отказа налогоплательщика допустить должностных лиц налогового органа к осмотру производственных, складских, торговых и иных помещений и территорий, используемых налогоплательщиком для извлечения дохода либо связанных с содержанием объектов налогообложения, непредставления в течение более двух месяцев налоговому органу необходимых для расчета налогов документов, отсутствия учета доходов и расходов, учета объектов налогообложения, ведения учета с нарушением установленного порядка, приведшего к невозможности исчислить налоги, или непредставления налогоплательщиком — иностранной организацией, не осуществляющей деятельность на территории Российской Федерации через постоянное представительство, налоговой декларации по налогу на имущество организаций;

Поскольку в актах выполненных работ Вы сами признаете наличие фонда оплаты труда в заявленном размере, то неудивительно, что налоговая использует Ваши же документы против Вас.

При несогласии в решением налоговой о доначислении НДФЛ и штрафов, Вам нужно обжаловать данное решение сначала в местном Управлении ФНС по субъекту РФ, а при неудовлетворительном результате — в арбитражный суд.

С уважением, Роман Артемьев.