Акт камеральной проверки, правомерны ли действия ФНС?

Да, но у вас патент только для ремонта жилых помещений, а вы оказывали услуги по ремонту нежилых. В сязи с этим налоговая рассчитала вам налог по УСН.

Письмо Минфина от 25 января 2017 г. N 03-11-09/3537

…

Применение патентной системы налогообложения в отношении указанной предпринимательской деятельности Кодексом не ставится в зависимость от того, является ли заказчик по договору на оказание данных услуг юридическим или физическим лицом.Таким образом, индивидуальный предприниматель, осуществляющий предпринимательскую деятельность по ремонту жилья и других построек, имеет право предоставлять данные услуги как физическим, так и юридическим лицам.
При этом следует отметить, что в соответствии с пунктом 1 статьи 11 Кодекса институты, понятия и термины гражданского, семейного и других отраслей законодательства Российской Федерации, используемые в Кодексе, применяются в том значении, в каком они используются в этих отраслях законодательства, если иное не предусмотрено Кодексом.Так, пунктом 10 статьи 1 Градостроительного кодекса Российской Федерации объект капитального строительства — это здание, строение, сооружение, объекты, строительство которых не завершено, за исключением временных построек, киосков, навесов и других подобных построек.
Таким образом, к постройкам не могут быть приравнены объекты офисных и складских помещений, принадлежащие на праве собственности, аренды юридическим лицам и используемые ими в производственной деятельности.В связи с этим, по мнению Департамента, индивидуальный предприниматель в отношении предпринимательской деятельности по ремонту объектов офисных и складских помещений юридических лиц не вправе применять патентную систему налогообложения согласно подпункту 12пункта 2 статьи 346.43 Кодекса.