Добрый день, Екатерина! Работодатель вправе выдавать заработную плату наличными денежными средствами, но при этом он полностью должен отразить ее в своей отчетности и уплатить все налоги по заработной плате.
Не законно выплачивать заработную плату «в конверте», т.е. выплачивать заработную плату и не указывать ее в отчетной документации, не удерживать НДФЛ 13%, не уплачивать взносы в пенсионный фонд и фонд социального страхования.
Обратитесь в пенсионный фонд и получите там выписку о состоянии индивидуального лицевого счета застрахованного лица. В ней будут указаны суммы ваших доходов и уплаченных взносов.
А если он не отчитывается и дополнительно удерживает 13%, то конечно он их не перечисляет в налоговую, а оставляет себе.
Действия вашего работодателя незаконны.