Как быть, если отказывают в отсрочке в военкомате?

Нет, не так. Вам обязаны предоставить вторую отсрочку, т.к. вы обучаетесь по программе магистратуры, при условии, что поступили в магистратуругод получения высшего образования по программам бакалавриата — см. пп.«а» п.2 ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе».

Эта новая отсрочка и к ней не применима норма, которая касается сохранения отсрочки, 

восстановившимся в той же образовательной организации (за исключением граждан, восстановившихся в образовательных организациях после отчисления по инициативе образовательной организации), если срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации, не увеличивается;