Сколько лет там хранятся данные о моем учете?

Как указано в приказе Министра обороны РФ от 02.10.2007 N 400

24. По решению военного комиссара с воинского учета призывников снимаются граждане, достигшие 27-летнего возраста и не призванные по какой-либо причине на военную службу. 
На основании этого должностным лицом, отвечающим за ведение картотеки личных дел призывников, изымается личное дело призывника, изучаются документы, содержащиеся в нем, и с соответствующими выводами начальником 2 отделения военного комиссариата оно представляется на решение военного комиссара. Военный комиссар, изучив представленные документы, на учетной карте призывника производит запись: «На основании подпункта „а“ пункта 1 статьи 22 и пункта 1 статьи 52 Федерального закона от 28 марта 1998 г. N 53-ФЗ „О воинской обязанности и военной службе“ начальнику 2 отделения снять с воинского учета призывников (при необходимости подготовить материал для привлечения гражданина к ответственности за уклонение от призыва на военную службу), начальнику 4 отделения принять на воинский учет военнослужащих запаса с подготовкой необходимых документов и с учетом гражданской специальности и определив годность к военной службе по состоянию здоровья» и заверяет своей подписью. После чего в учетно-алфавитной книге производится запись о снятии гражданина с воинского учета призывников по достижении предельного возраста пребывания на воинском учете граждан, подлежащих призыву на военную службу, и месте нахождения личного дела призывника.

Личное дело после того, как Вы встали на воинский учет в другом городе, направляется туда.