Здравствуйте Сергей.
Да, налоговый орган может исключить сведения об ООО, но при условии признания задолженности на основании ст. 59 НК РФ Безнадежной к взысканию.
Учредителям и руководителям таких организаций следует знать, что если их фирма была признана недействующей и исключена из реестра при наличии задолженности в бюджет, признанной безнадежной к взысканию, в соответствии с п.п. «ф» п. 1 ст. 23 Федерального закона от 08.08.2001 №129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», они в течение трех лет не смогут выступать учредителями и руководителями других организаций.