Как передать в муниципальную собственность квартиру если два собственника?

Здравствуйте, Артур

В данном случае целесообразнее  один договор, где принципалами выступают два собственника. В соответствии со ст.308 ГК РФ

1. В обязательстве в качестве каждой из его сторон — кредитора или должника — могут участвовать одно илиодновременно несколько лиц.

Поскольку предметом будущего тендера является вся квартира, а не ее доли по отдельности, то и обязательства должны  иметь оба по одной сделке.

Доверенность должна быть от каждого сособственника.

Деньги перечисляются в полном объеме на один счёт как тогда быть, в одном агентском договоре прописывать всю сумму а в другом ничего не указывать?

Определять порядок расчетов. Если денежные средства за доли получит каждый отдельно, то соответственно каждый и комиссию  обязан перечислить. Получателем может быть указан и один из сособственников, тут уже следует согласовывать эти условия с ними самими.