Выплатят ли страховку в данном случае?

машину он продал и скрылся

Томара

Машина обнаружена?

В том случае, если автомобиль найден и на нем нет повреждений — то страховая компания не выплатит Вам страховку, поскольку это не страховой случай.

Однако Вам это не мешает предъявить требование к новому покупателю о возврате Вам автомобиля, основываясь на ст. 302 ГК РФ, согласно которой

1. Если имущество возмездно приобретено у лица, которое не имело права его отчуждать, о чем приобретатель не знал и не мог знать (добросовестный приобретатель), то собственник вправе истребовать это имущество от приобретателя в случае, когда имущество утеряно собственником или лицом, которому имущество было передано собственником во владение, либо похищено у того или другого, либо выбыло из их владения иным путем помимо их воли.

Поскольку Ваш сожитель не имел право продавать Ваш автомобиль — то вы вполне можете заявить требование к покупателю о его возврате.

Если откажется возвращать добровольно — то можете обратиться в суд.