Как быть, если Заказчик начислил пени по контракту по 44-ФЗ, у нас несогласие с суммой?

Здравствуйте! Нужна консультация по неправильному ( по моему мнению) начислению суммы неустойки по контракту по 44 фз.

Заказчик начислил нам пени за несвоевременную поставку продукции по контракту по 44 фз. Мы действительно поставили товар позже указанного в контракте срока, товар поставлялся частями, т.к. доставка была в разные регионы. Заказчик начислил пени в 2 раза превышающие по сумме, так, что если начислять пени за весь период просрочки на весь контракт. Объясняет тем, что у них своя формула начислений.