Можно сначала в акте согласования границ написать возражения, а разъяснения прислать позже по почте?

Каждый участник решает сам подписывать или нет и в каком случае. Вы, как я понимаю, намерены подписать, но с возражениями. Если не уточнить, что разъяснение представите дополнительно, то можно расценить как ничего не значащую фразу про возражения. В  случае спора. Подпись ведь будет Ваша. Специалист вообще может воспротивиться подписывать такой Акт,, ссылаясь на  его типовой. Тем не менее каждый вправе отстаивать свои собственные интересы всеми законными способами. А вот по почте или каким другим образом представите разъяснения, кажется мне вторичным моментом. Но если есть уверенность, что сможете почтой в какие-то разумные сроки, то можно указать и это.