Можно ли при таких условиях осуществлять перелеты по РФ?

Разрешение на перелеты внутри страны у вас есть, запрет непосредственно налагается на перелет за пределы РФ.
Важно то, что величина долга также никак не сказывается на вышесказанных правилах. У вас может быть задолженность в несколько копеек по кредиту на квартиру, а может быть миллион за кредит по незаконно оформленному бизнесу в другой стране, и это тоже позволит вам сменить на неопределенное время местонахождение по России.

В соответствии со статьей 27 Конституции РФ:
1. Каждый, кто законно находится на территории Российской Федерации, имеет право свободно передвигаться, выбирать место пребывания и жительства.